Experiment Overview
| Repository ID: | FR-FCM-ZZ7U | Experiment name: | Safety / Immunogenicity of PENNVAX-B with / without IL12 DNA plasmid via electroporation in healthy adults | MIFlowCyt score: | 33.10% |
| Primary researcher: | Greg Finak | PI/manager: | Stephen DeRosa | Uploaded by: | Greg Finak |
| Experiment dates: | 2010-04-13 - 2010-10-08 | Dataset uploaded: | Sep 2013 | Last updated: | Mar 2014 |
| Keywords: | [Intracellular cytokines; T cells; HIV; SIV; vaccines] | Manuscripts: | [23840043] [24382714] [PMC3733506] |
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| Organizations: |
Fred Hutchinson Cancer Research Center, Seattle, WA (USA)
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| Purpose: | This data was part of an immunogenicity and safety trial for HVTN080. Here the data was used to test a novel normalization algorithm, which was evaluated on polyfunctional, antigen-specific T-cell populations involving Perforin. The Perforin marker exhibits staining variability that rendered it difficult to gate manually. Normalization was applied to the marker and the data was re-gated. Performance was evaluated by examining the false positive response rate at baseline for polyfunctional cell populations involving Perforin. | ||||
| Conclusion: | Local normalization rendered the Perforin marker usable and decreased the false positive response rate at baseline for antigen-specific T-cell populations that exhibited polyfunctional expression of cytokines together with Perforin.Response was evaluated for multiple stimulations. | ||||
| Comments: | The pubmed id references the original trial rather than the flow normalization methods paper. | ||||
| Funding: | Not disclosed | ||||
| Quality control: | Negative and positive controls are part of the experiment. Data were filtered for high background or low total T-cell counts. | ||||
Experiment variables
| Conditions | |
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| · negctrl | 431345.fcs · 431346.fcs · 431348.fcs · 431349.fcs · 431351.fcs · 431352.fcs · 431354.fcs · 431355.fcs · 431357.fcs · 431358.fcs · 431360.fcs · 431361.fcs · 431363.fcs · 431364.fcs · 431366.fcs · 431367.fcs · 432483.fcs · 432484.fcs · 432486.fcs · 432487.fcs · 432489.fcs · 432490.fcs · 432492.fcs · 432493.fcs · 432495.fcs · 432496.fcs · 432498.fcs · 432499.fcs · 432501.fcs · 432502.fcs · 432504.fcs · 432505.fcs · 461675.fcs · 461676.fcs · 461678.fcs · 461679.fcs · 461687.fcs · 461688.fcs · 504777.fcs · 504778.fcs · 504786.fcs · 504787.fcs · 504789.fcs · 504790.fcs · 504792.fcs · 504793.fcs · 505211.fcs · 505212.fcs · 505214.fcs · 505215.fcs · 505217.fcs · 505218.fcs · 505220.fcs · 505221.fcs · 505223.fcs · 505224.fcs · 505226.fcs · 505227.fcs · 505229.fcs · 505230.fcs · 508326.fcs · 508327.fcs · 508329.fcs · 508330.fcs · 508332.fcs · 508333.fcs · 508335.fcs · 508336.fcs · 508338.fcs · 508339.fcs · 508341.fcs · 508342.fcs · 508344.fcs · 508345.fcs · 509238.fcs · 509239.fcs · 509241.fcs · 509242.fcs · 509244.fcs · 509245.fcs · 509247.fcs · 509248.fcs · 509250.fcs · 509251.fcs · 509253.fcs · 509254.fcs · 509256.fcs · 509257.fcs · 509259.fcs · 509260.fcs · 513874.fcs · 513875.fcs · 513877.fcs · 513878.fcs · 513880.fcs · 513881.fcs · 513883.fcs · 513884.fcs · 513886.fcs · 513887.fcs · 513889.fcs · 513890.fcs · 513892.fcs · 513893.fcs · 513895.fcs · 513896.fcs · 516517.fcs · 516518.fcs · 516520.fcs · 516521.fcs · 516523.fcs · 516524.fcs · 516526.fcs · 516527.fcs · 516529.fcs · 516530.fcs · 516532.fcs · 516533.fcs · 516535.fcs · 516536.fcs · 516538.fcs · 516539.fcs · 516957.fcs · 516958.fcs · 516960.fcs · 516961.fcs · 516963.fcs · 516964.fcs · 516966.fcs · 516967.fcs · 516969.fcs · 516970.fcs · 768167.fcs · 768168.fcs · 768170.fcs · 768171.fcs · 768173.fcs · 768174.fcs · 768176.fcs · 768177.fcs · 768179.fcs · 768180.fcs · 768182.fcs · 768183.fcs · 768607.fcs · 768608.fcs · 768610.fcs · 768611.fcs · 768613.fcs · 768614.fcs · 768616.fcs · 768617.fcs · 768619.fcs · 768620.fcs · 768622.fcs · 768623.fcs · 769121.fcs · 769122.fcs · 769124.fcs · 769125.fcs · 769127.fcs · 769128.fcs · 769130.fcs · 769131.fcs · 769133.fcs · 769134.fcs · 769136.fcs · 769137.fcs · 810884.fcs · 810885.fcs · 810887.fcs · 810888.fcs · 810893.fcs · 810894.fcs · 810902.fcs · 810903.fcs · 812794.fcs · 812795.fcs · 812797.fcs · 812798.fcs · 812800.fcs · 812801.fcs · 812809.fcs · 812810.fcs · 812812.fcs · 812813.fcs · 882484.fcs · 882485.fcs |
| · GAG-1-PTEG | 431417.fcs · 431419.fcs · 431421.fcs · 431423.fcs · 431425.fcs · 431427.fcs · 431429.fcs · 431431.fcs · 432555.fcs · 432557.fcs · 432559.fcs · 432561.fcs · 432563.fcs · 432565.fcs · 432567.fcs · 432569.fcs · 461744.fcs · 461746.fcs · 461752.fcs · 504847.fcs · 504853.fcs · 504855.fcs · 504857.fcs · 505283.fcs · 505285.fcs · 505287.fcs · 505289.fcs · 505291.fcs · 505293.fcs · 505295.fcs · 508398.fcs · 508400.fcs · 508402.fcs · 508404.fcs · 508406.fcs · 508408.fcs · 508410.fcs · 509310.fcs · 509312.fcs · 509314.fcs · 509316.fcs · 509318.fcs · 509320.fcs · 509322.fcs · 509324.fcs · 513946.fcs · 513948.fcs · 513950.fcs · 513952.fcs · 513954.fcs · 513956.fcs · 513958.fcs · 513960.fcs · 516589.fcs · 516591.fcs · 516593.fcs · 516595.fcs · 516597.fcs · 516599.fcs · 516601.fcs · 516603.fcs · 517029.fcs · 517031.fcs · 517033.fcs · 517035.fcs · 517037.fcs · 768239.fcs · 768241.fcs · 768243.fcs · 768245.fcs · 768247.fcs · 768249.fcs · 768679.fcs · 768681.fcs · 768683.fcs · 768685.fcs · 768687.fcs · 768689.fcs · 769193.fcs · 769195.fcs · 769197.fcs · 769199.fcs · 769201.fcs · 769203.fcs · 810956.fcs · 810958.fcs · 810962.fcs · 810968.fcs · 812866.fcs · 812868.fcs · 812870.fcs · 812876.fcs · 812878.fcs · 882556.fcs |
| · POL-1-PTEG | 431449.fcs · 431451.fcs · 431453.fcs · 431455.fcs · 431457.fcs · 431459.fcs · 431461.fcs · 431463.fcs · 432587.fcs · 432589.fcs · 432591.fcs · 432593.fcs · 432595.fcs · 432597.fcs · 432599.fcs · 432601.fcs · 461776.fcs · 461778.fcs · 461784.fcs · 504879.fcs · 504885.fcs · 504887.fcs · 504889.fcs · 505315.fcs · 505317.fcs · 505319.fcs · 505321.fcs · 505323.fcs · 505325.fcs · 505327.fcs · 508430.fcs · 508432.fcs · 508434.fcs · 508436.fcs · 508438.fcs · 508440.fcs · 508442.fcs · 509342.fcs · 509344.fcs · 509346.fcs · 509348.fcs · 509350.fcs · 509352.fcs · 509354.fcs · 509356.fcs · 513978.fcs · 513980.fcs · 513982.fcs · 513984.fcs · 513986.fcs · 513988.fcs · 513990.fcs · 513992.fcs · 516621.fcs · 516623.fcs · 516625.fcs · 516627.fcs · 516629.fcs · 516631.fcs · 516633.fcs · 516635.fcs · 517061.fcs · 517063.fcs · 517065.fcs · 517067.fcs · 517069.fcs · 768271.fcs · 768273.fcs · 768275.fcs · 768277.fcs · 768279.fcs · 768281.fcs · 768711.fcs · 768713.fcs · 768715.fcs · 768717.fcs · 768719.fcs · 768721.fcs · 769225.fcs · 769227.fcs · 769229.fcs · 769231.fcs · 769233.fcs · 769235.fcs · 810988.fcs · 810990.fcs · 810994.fcs · 811000.fcs · 812898.fcs · 812900.fcs · 812902.fcs · 812908.fcs · 812910.fcs · 882588.fcs |
| · POL-2-PTEG | 431465.fcs · 431467.fcs · 431469.fcs · 431471.fcs · 431473.fcs · 431475.fcs · 431477.fcs · 431479.fcs · 432603.fcs · 432605.fcs · 432607.fcs · 432609.fcs · 432611.fcs · 432613.fcs · 432615.fcs · 432617.fcs · 461792.fcs · 461794.fcs · 461800.fcs · 504895.fcs · 504901.fcs · 504903.fcs · 504905.fcs · 505331.fcs · 505333.fcs · 505335.fcs · 505337.fcs · 505339.fcs · 505341.fcs · 505343.fcs · 508446.fcs · 508448.fcs · 508450.fcs · 508452.fcs · 508454.fcs · 508456.fcs · 508458.fcs · 509358.fcs · 509360.fcs · 509362.fcs · 509364.fcs · 509366.fcs · 509368.fcs · 509370.fcs · 509372.fcs · 513994.fcs · 513996.fcs · 513998.fcs · 514000.fcs · 514002.fcs · 514004.fcs · 514006.fcs · 514008.fcs · 516637.fcs · 516639.fcs · 516641.fcs · 516643.fcs · 516645.fcs · 516647.fcs · 516649.fcs · 516651.fcs · 517077.fcs · 517079.fcs · 517081.fcs · 517083.fcs · 517085.fcs · 768287.fcs · 768289.fcs · 768291.fcs · 768293.fcs · 768295.fcs · 768297.fcs · 768727.fcs · 768729.fcs · 768731.fcs · 768733.fcs · 768735.fcs · 768737.fcs · 769241.fcs · 769243.fcs · 769245.fcs · 769247.fcs · 769249.fcs · 769251.fcs · 811004.fcs · 811006.fcs · 811010.fcs · 811016.fcs · 812914.fcs · 812916.fcs · 812918.fcs · 812924.fcs · 812926.fcs · 882604.fcs |
| Timepoints | |
|---|---|
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| Individuals | |
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| · 080-2 | 431351.fcs · 431352.fcs · 431354.fcs · 431355.fcs · 431421.fcs · 431423.fcs · 431453.fcs · 431455.fcs · 431469.fcs · 431471.fcs |
| · 080-3 | 431357.fcs · 431358.fcs · 431360.fcs · 431361.fcs · 431425.fcs · 431427.fcs · 431457.fcs · 431459.fcs · 431473.fcs · 431475.fcs |
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| · 080-19 | 769130.fcs · 769131.fcs · 769133.fcs · 769134.fcs · 769199.fcs · 769201.fcs · 769231.fcs · 769233.fcs · 769247.fcs · 769249.fcs |
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| · 080-21 | 461675.fcs · 461676.fcs · 461744.fcs · 461776.fcs · 461792.fcs · 768170.fcs · 768171.fcs · 768241.fcs · 768273.fcs · 768289.fcs |
| · 080-22 | 768173.fcs · 768174.fcs · 768176.fcs · 768177.fcs · 768243.fcs · 768245.fcs · 768275.fcs · 768277.fcs · 768291.fcs · 768293.fcs |
| · 080-23 | 768179.fcs · 768180.fcs · 768247.fcs · 768279.fcs · 768295.fcs · 810893.fcs · 810894.fcs · 810962.fcs · 810994.fcs · 811010.fcs |
| · 080-24 | 768182.fcs · 768183.fcs · 768249.fcs · 768281.fcs · 768297.fcs · 810902.fcs · 810903.fcs · 810968.fcs · 811000.fcs · 811016.fcs |
| · 080-33 | 768607.fcs · 768608.fcs · 768610.fcs · 768611.fcs · 768679.fcs · 768681.fcs · 768711.fcs · 768713.fcs · 768727.fcs · 768729.fcs |
| · 080-35 | 768613.fcs · 768614.fcs · 768683.fcs · 768715.fcs · 768731.fcs · 810887.fcs · 810888.fcs · 810958.fcs · 810990.fcs · 811006.fcs |
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| · 080-37 | 768619.fcs · 768620.fcs · 768687.fcs · 768719.fcs · 768735.fcs · 812800.fcs · 812801.fcs · 812870.fcs · 812902.fcs · 812918.fcs |
| · 080-38 | 768622.fcs · 768623.fcs · 768689.fcs · 768721.fcs · 768737.fcs · 812797.fcs · 812798.fcs · 812868.fcs · 812900.fcs · 812916.fcs |
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