Experiment Overview
| Repository ID: | FR-FCM-ZZTW | Experiment name: | Functional profiling of whole blood responses to allergen in healthy controls and peanut-allergic patients | MIFlowCyt score: | 33.75% |
| Primary researcher: | Adeeb Rahman | PI/manager: | Adeeb Rahman | Uploaded by: | Adeeb Rahman |
| Experiment dates: | 2015-03-02 - 2016-04-21 | Dataset uploaded: | Aug 2016 | Last updated: | Aug 2016 |
| Keywords: | [signaling] [basophils] [allergy] [whole blood] [whole blood intracellular staining] [pediatric population] [mass cytometry] [CyTOF] [CD63] [platelet-basophil aggregates] | Manuscripts: | [27531074] | ||
| Organizations: |
Icahn School of Medicine at Mt. Sinai, New York, NY (10029)
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| Purpose: | We used mass cytometry (CyTOF) to profile phenotypic changes and signaling response of all major hematopoietic subsets in blood to peanut extract in peanut allergic donors and age-matched healthy controls. | ||||
| Conclusion: | We observed basophil-platelet interactions and activation of basophils and other myeloid cells in response to peanut in allergic individuals but not healthy controls. | ||||
| Comments: | None | ||||
| Funding: | NIAID U24AI118644 | ||||
| Quality control: | All samples included a negative (media) control and a positive (anti-IgE) control in addition the experimental treatment (peanut extract). Sample were barcoded and pooled prior to staining to minimize experimental and instrument batch variability between samples. | ||||
Experiment variables
| Sample Type | |
|---|---|
| · Healthy control | C1 15min PN.fcs · C1 15min antiIgE.fcs · C1 15min media.fcs · C1 30min PN.fcs · C1 30min antiIgE.fcs · C1 30min media.fcs · C2 15min PN.fcs · C2 15min media.fcs · C2 30 min media.fcs · C2 30min PN.fcs · C2 30min antiIgE.fcs · C2 antiIgE 15min.fcs · C3 15min PN.fcs · C3 15min antiIgE.fcs · C3 15min media.fcs · C3 30min PN.fcs · C3 30min antiIgE.fcs · C3 30min media.fcs |
| · Peanut allergic | P1 15min PN.fcs · P1 15min antiIgE.fcs · P1 15min media.fcs · P1 30min PN.fcs · P1 30min antiIgE.fcs · P1 30min media.fcs · P2 15min PN.fcs · P2 15min antiIgE.fcs · P2 15min media.fcs · P2 30min PN.fcs · P2 30min antiIgE.fcs · P2 30min media.fcs · P3 15min PN.fcs · P3 15min antiIgE.fcs · P3 15min media.fcs · P3 30min PN.fcs · P3 30min antiIgE.fcs · P3 30min media.fcs · P4 15min PN.fcs · P4 15min antiIgE.fcs · P4 15min media.fcs · P4 30min PN.fcs · P4 30min antiIgE.fcs · P4 30min media.fcs · P5 15min PN.fcs · P5 15min antiIgE.fcs · P5 15min media.fcs · P5 30min PN.fcs · P5 30min antiIgE.fcs · P5 30min media.fcs · P6 15min PN.fcs · P6 15min antiIgE.fcs · P6 15min media.fcs · P6 30min PN.fcs · P6 30min antiIgE.fcs · P6 30min media.fcs |
| · Tolerant | T1 15min PN.fcs · T1 15min antiIgE.fcs · T1 15min media.fcs · T1 30min PN.fcs · T1 30min antiIgE.fcs · T1 30min media.fcs |
| Conditions | |
|---|---|
| · Media | C1 15min media.fcs · C1 30min media.fcs · C2 15min media.fcs · C2 30 min media.fcs · C3 15min media.fcs · C3 30min media.fcs · P1 15min media.fcs · P1 30min media.fcs · P2 15min media.fcs · P2 30min media.fcs · P3 15min media.fcs · P3 30min media.fcs · P4 15min media.fcs · P4 30min media.fcs · P5 15min media.fcs · P5 30min media.fcs · P6 15min media.fcs · P6 30min media.fcs · T1 15min media.fcs · T1 30min media.fcs |
| · Peanut extract | C1 15min PN.fcs · C1 30min PN.fcs · C2 15min PN.fcs · C2 30min PN.fcs · C3 15min PN.fcs · C3 30min PN.fcs · P1 15min PN.fcs · P1 30min PN.fcs · P2 15min PN.fcs · P2 30min PN.fcs · P3 15min PN.fcs · P3 30min PN.fcs · P4 15min PN.fcs · P4 30min PN.fcs · P5 15min PN.fcs · P5 30min PN.fcs · P6 15min PN.fcs · P6 30min PN.fcs · T1 15min PN.fcs · T1 30min PN.fcs |
| · antiIgE | C1 15min antiIgE.fcs · C1 30min antiIgE.fcs · C2 30min antiIgE.fcs · C2 antiIgE 15min.fcs · C3 15min antiIgE.fcs · C3 30min antiIgE.fcs · P1 15min antiIgE.fcs · P1 30min antiIgE.fcs · P2 15min antiIgE.fcs · P2 30min antiIgE.fcs · P3 15min antiIgE.fcs · P3 30min antiIgE.fcs · P4 15min antiIgE.fcs · P4 30min antiIgE.fcs · P5 15min antiIgE.fcs · P5 30min antiIgE.fcs · P6 15min antiIgE.fcs · P6 30min antiIgE.fcs · T1 15min antiIgE.fcs · T1 30min antiIgE.fcs |
| Timepoints | |
|---|---|
| · 15min | C1 15min PN.fcs · C1 15min antiIgE.fcs · C1 15min media.fcs · C2 15min PN.fcs · C2 15min media.fcs · C2 antiIgE 15min.fcs · C3 15min PN.fcs · C3 15min antiIgE.fcs · C3 15min media.fcs · P1 15min PN.fcs · P1 15min antiIgE.fcs · P1 15min media.fcs · P2 15min PN.fcs · P2 15min antiIgE.fcs · P2 15min media.fcs · P3 15min PN.fcs · P3 15min antiIgE.fcs · P3 15min media.fcs · P4 15min PN.fcs · P4 15min antiIgE.fcs · P4 15min media.fcs · P5 15min PN.fcs · P5 15min antiIgE.fcs · P5 15min media.fcs · P6 15min PN.fcs · P6 15min antiIgE.fcs · P6 15min media.fcs · T1 15min PN.fcs · T1 15min antiIgE.fcs · T1 15min media.fcs |
| · 30min | C1 30min PN.fcs · C1 30min antiIgE.fcs · C1 30min media.fcs · C2 30 min media.fcs · C2 30min PN.fcs · C2 30min antiIgE.fcs · C3 30min PN.fcs · C3 30min antiIgE.fcs · C3 30min media.fcs · P1 30min PN.fcs · P1 30min antiIgE.fcs · P1 30min media.fcs · P2 30min PN.fcs · P2 30min antiIgE.fcs · P2 30min media.fcs · P3 30min PN.fcs · P3 30min antiIgE.fcs · P3 30min media.fcs · P4 30min PN.fcs · P4 30min antiIgE.fcs · P4 30min media.fcs · P5 30min PN.fcs · P5 30min antiIgE.fcs · P5 30min media.fcs · P6 30min PN.fcs · P6 30min antiIgE.fcs · P6 30min media.fcs · T1 30min PN.fcs · T1 30min antiIgE.fcs · T1 30min media.fcs |
| Individuals | |
|---|---|
| · C1 | C1 15min PN.fcs · C1 15min antiIgE.fcs · C1 15min media.fcs · C1 30min PN.fcs · C1 30min antiIgE.fcs · C1 30min media.fcs |
| · C2 | C2 15min PN.fcs · C2 15min media.fcs · C2 30 min media.fcs · C2 30min PN.fcs · C2 30min antiIgE.fcs · C2 antiIgE 15min.fcs |
| · C3 | C3 15min PN.fcs · C3 15min antiIgE.fcs · C3 15min media.fcs · C3 30min PN.fcs · C3 30min antiIgE.fcs · C3 30min media.fcs |
| · P1 | P1 15min PN.fcs · P1 15min antiIgE.fcs · P1 15min media.fcs · P1 30min PN.fcs · P1 30min antiIgE.fcs · P1 30min media.fcs |
| · P2 | P2 15min PN.fcs · P2 15min antiIgE.fcs · P2 15min media.fcs · P2 30min PN.fcs · P2 30min antiIgE.fcs · P2 30min media.fcs |
| · P3 | P3 15min PN.fcs · P3 15min antiIgE.fcs · P3 15min media.fcs · P3 30min PN.fcs · P3 30min antiIgE.fcs · P3 30min media.fcs |
| · P4 | P4 15min PN.fcs · P4 15min antiIgE.fcs · P4 15min media.fcs · P4 30min PN.fcs · P4 30min antiIgE.fcs · P4 30min media.fcs |
| · P5 | P5 15min PN.fcs · P5 15min antiIgE.fcs · P5 15min media.fcs · P5 30min PN.fcs · P5 30min antiIgE.fcs · P5 30min media.fcs |
| · P6 | P6 15min PN.fcs · P6 15min antiIgE.fcs · P6 15min media.fcs · P6 30min PN.fcs · P6 30min antiIgE.fcs · P6 30min media.fcs |
| · T1 | T1 15min PN.fcs · T1 15min antiIgE.fcs · T1 15min media.fcs · T1 30min PN.fcs · T1 30min antiIgE.fcs · T1 30min media.fcs |
